Dando continuidade às peripécias de 'Alfas - as melhores entre as melhores', as três garotas-prodígio - Charlie, Skye e Allie - se deparam com novos problemas que ameaçam seus lugares na Academia Alfa. Charlie passa grandes apuros para provar a Shira seu mérito como uma Alfa high-tech e tenta abrir mão de sua paixão por Darwin ao aproximá-lo de Allie, Skye tem dificuldades para que Mimi, sua professora de dança, reconheça seu talento, além de estar dividida entre dois dos filhos de Shira, Allie, por sua vez, é desmascarada por tentar se passar por uma famosa cantora folk e precisa correr contra o tempo.