Primeiro estudo científico que pretende oferecer uma visão de conjunto das resistências e dos protestos contra a Inquisição portuguesa, um tribunal cujo nome é sinônimo de poder arbitrário e inquestionável. Pelo contrário, A Inquisição Contestada revela a existência de uma linha de críticas variegadas mais constantes em relação ao Santo Ofício, quer foram particularmente vigorosas durante o século XVII, época sobre a qual o autor se concentrou. Baseado numa pesquisa realizada em vários arquivos europeus, cruzando uma pluralidade de fontes e uma geografia que abrange também Castela e Roma, este livro conecta as polêmicas levantadas por componentes relevantes da sociedade portuguesa, como jesuítas e cristãos-novos, com aquelas das pessoas comuns, cujas vozes deixaram rastros nos documentos da época, permitindo colocar casos célebres como o do padre Antônio Vieira no seu contexto histórico.