Nesta obra, como em todas as outras, Locke anuncia e prepara o grande movimento do Iluminismo, que culminará com Voltaire. Locke distingue primeiramente as três ordens da força, da razão e da fé. Em seguida, afirma que todos os homens pertencem a duas sociedades: a civil e a religiosa. O problema da intolerância resulta da confusão entre estes dois domínios, a sua confusão é prejudicial quer à saúde do corpo social como à busca da saúde individual. Cabe à força política impedir que interfiram, sem preocupar-se nem com a saúde das almas nem da fé, sobre as quais o governo não tem qualquer direito. O poder do Estado não saberia efectivamente estender-se para além dos interesses temporais da sociedade, está aqui um princípio cardinal da filosofia liberal, da qual Locke pode ser considerado fundador. Quanto às Igrejas, são instituições privadas, que não afectam nulamente a colectividade. O estado não pode intervir no seu funcionamento ou regulamentar os cultos a não ser que estes se revelem atentatórios do direito das pessoas ou do bom caminho da sociedade. É o princípio da laicidade do Estado que é aqui colocado, com uma nitidez sem precedentes. Em nome deste princípio, Locke reclama a igualdade de direitos para todos os cultos, sem diferença.