Numa cidade à beira do rio Amazonas, um passante vem procurar abrigo à sombra de um jatobá e, incauto ou curioso, dispõe-se a ouvir um velho com fama de louco. É o que basta para Arminto Cordovil começar a contar a história de Órfãos do Eldorado: a história de seu próprio amor desesperado por Dinaura, mas também a crônica de uma família, de uma região e de toda uma época que, à base da seiva da seringueira, quis encarnar os sonhos seculares de um Eldorado amazônico.
Essa miragem mítica e histórica serve de pano de fundo a Órfãos do Eldorado e ao destino de Arminto Cordovil, dividido entre o amor pela moça misteriosa e as pretensões dinásticas do pai, Amando, armador enriquecido com a borracha. Na casa elegante em Manaus ou no palacete branco de Vila Bela, Amando nutre fantasias de proprietário e armador, que seu filho único teima em minar.
Entre esses extremos que mal se tocam, uma galeria notável de mulheres - Angelina, a mãe morta; Florita, o anjo da guarda morena; Estrela, a bela sefardita - e os homens - de Estiliano, o advogado grego, a Denísio Cão, o barqueiro infernal - que vivem na própria pele o fausto e os conflitos do ciclo da borracha nos anos que antecedem a Primeira Guerra Mundial. E, no centro de tudo, Dinaura, corpo estranho entre as órfãs das Carmelitas em Vila Bela, moça que parece filha do mato, lê romances, enfeitiça Arminto e sonha com a Cidade Encantada, a Eldorado submersa de que tanto se fala à beira do rio Amazonas.