Nos últimos anos do século XVIII a Espanha ainda era um império colonial imenso. Frente ao assédio das idéias laicas e republicanas que vinham da França revolucionária, a Inquisição - havia muito tempo em estado de dormência - tem um surto de vitalidade e decide mostrar suas garras.
Francisco de Goya y Lucientes testemunha tudo isso. Pintor da Corte e glória da Espanha, Goya fazia retratos por encomenda de nobres, mercadores e autoridades da Igreja, como frei Lorenzo Casamares, homem implacável da Inquisição.
Quando Casamares vê no ateliê de Goya o retrato da jovem Inés, filha do comerciante Tomás Bilbatua, que fora presa e acusada de heresia, os destinos dos três se entrecruzam numa história de lealdades e traições, de amor, tortura e morte, mas também de guinadas ideológicas e vinganças pessoais.
Os fantasmas de Goya teve seus direitos vendidos para dezoito países e deu origem ao filme Os fantasmas de Goya, dirigido por Milos Forman.